财政问题是目前兴汉军最大的难题。
原先兴汉军主力只有不到四千人，征战以缴获为主，如今却扩充为十余万，且据有三省之地，不能再像从前那般攻占一地即行抄抢藩库用以养兵，反而要进行地方的实际治理，故而随着军队人数的暴涨，弹械饷粮两方面都支绌，军火缺乏，军饷不足。
此外由于战事原因，导致商业阻滞，居民受困，市面萧条，如此环境一旦外部压力过大，极容易从内部崩塌。
诚如陈辉祖所言：“钱粮处理不好，兵必反而为贼，民必起而为匪。”
顾师道过去只在金川领导遗民抗清，论地盘不过一县长，论兵员不过一参将，气节堪称天下无双，然于实际治政经验几近于无。
因此对于做过湖广总督的陈辉祖，顾师道极为礼遇厚待，仍命陈辉祖为湖广总督，又以另一降官湖南巡抚巴延三为长江经略。
也就是以陈辉祖帮助兴汉军建立政权，进行地方实际治理；
以巴延三为兴汉军攻略长江下游。
陈辉祖上任之后想方设法对兴汉军官兵厚给钱粮，确保军心士气，同时针对过去的弊政进行大刀阔斧改革，即大规模缩减地方开支，裁撤地方无用人士。
同时在武昌设立类似筹饷的单位，称“助饷局”。
筹集的办法是派员调查，挨户劝捐，认明数目，填写捐册。
湖广境内大小商号、地方乡绅，富裕大户都在助饷之列。
重点是那些做过清朝大官的致仕官员。
如前刑部侍郎郭某被陈辉祖亲自上门劝捐，面对陈辉祖灭族的恐吓，郭某不得已捐了30万两。
不过主动给兴汉军捐钱的也不乏其人。
曾做过苏松道的荆州人刘某就主动给兴汉军捐银10万两，并对陈辉祖道如果兴汉军不对民间骚扰，不对湖广境内的退休官员迫害，他还可出面劝捐。
并劝说兴汉军万不可如当年李自成般对士绅大行拷掠，那样的话，汉室复兴恐成昙花一现。
这个刘某倒是有点真心光复汉室的想法，只是因为种种原因不便也不敢如陈辉祖这般公开归降。
陈辉祖也不难为刘某，同意其的要求，再三要求驻防荆州的兴汉军不可扰动士绅。
于是在刘某的奔走下，荆州的清廷退休官员和地方士绅一共为兴汉军捐了白银158万两，粮食万石，另筹集棉衣万余件。
除劝饷外，陈辉祖又重建了府、州、县三级衙门，还劝说了不少避祸的清朝官员出来做官，加上清点藩库，统计缴获，又得银数百余万两。
其它钱粮照常征解，土膏照捐照常开办，厘税盐税一律照旧征收，所有各处公款公产，一律清查，随时提用。
种种政策配以兴汉军的强力手段，真就半年时间理清了兴汉军的财政难题，虽各处钱粮支应仍嫌不足，但足以支撑战事所需。
令得兴汉军统帅顾师道对陈辉祖刮目相看，称：“得辉祖一人，如得半壁。”
解决钱粮问题同时，陈辉祖又力谏整顿军纪。
由于前番兴汉军扩充太快，人员组成复杂，有大量降兵散勇、地痞流氓充塞其中，因此除精锐核心外，其余各部军纪堪忧，时常发生士兵哗变、抢劫等恶性事件，引起百姓对兴汉军的不满。
如归降的黄州绿营兵四百多人于校场点名时，兵士竟然强索军饷，武昌方面任命的黄州知州没有答应降兵无理要求，于是降兵哗变四出抢劫，事后清点经此兵乱，黄州损失多达三十余万两。
兵变发生后的第四天即被兴汉军镇压，为首者数十人被正法。
其实军纪问题最早在兴汉军攻占荆州时就已经出现，当时兴汉军主力进城后，仓促间只注意满城八旗，不暇他顾，结果新加入的几千新兵趁机在外城抢劫，城内无业游民也跟着趁火打劫，导致外城市面两天没有安静过。
大半商铺皆遭抢劫，损失最大的一家当天就被抢走现银七万余两。
后续加入补充新兵很多，然秩序不整，兵不用令，纪律性差，很难指挥。
毕竟时间有限，哪怕兴汉军方面意识到军纪问题，也做了不少针对性措施，还是难以短期内将十余万人马整合完善。
能做到如今这个局面，已经是极不容易的了。
兵力上，兴汉军十几万主力相对于清军是丝毫不落下风的，因此只要能够继续创造胜绩，内部的种种不足也不会影响到大局。
局面走势也确如陈辉祖所料，清军节节败退，江西一省得来全不费功夫。
在兴汉军的大举压境下，长江下游的安徽、江苏清军都调到了安庆，看起来安庆好似硬骨头难以啃下，但只要兴汉军能够不惜代价攻克安庆，安徽、江苏变天就是时间长短的事。
有了长江下游的钱粮支撑，再复洪武北伐盛景就不是痴人说梦了。
因此，陈辉祖力谏于上游以守为主，集中钱粮资源和精锐兵力攻打下游。
此外不断建议改兴汉军这一称号，正式以明军为号，并早日拥戴朱明后人为帝，在大势上彻底压过满清。
顾师道和其侄子顾明远等兴汉军高层同意攻掠长江下游的战略计划，并准备从湖北再调两个军参加安庆会战，只是对于是否立即拥立朱明后人为帝，顾师道同其侄子顾明远意见相左。
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