当然他们现在还不敢公然反对帝国，只能祭出了最后一招，联合进京请愿，向朝廷上联名万言书，而上书的內容除了科举之外，还包括针对帝国的其他制度。当然这也是因为建国之后，商毅对思想言论放得比较松，如果是在清廷当政，那怕是朱重八在位的时候，也都是肯定不敢的。
但不管怎么样，事情总是发生了，因此在接报之后，商毅也下令，停下其他的公务，首先来讨论对这一次请愿的事情怎样处理。经过了內阁众官员简单的讨论之后，众官员们决定，现在不要激化矛盾，首先收下上言书，看一看写的是什么内容，然后再做决定，而对请愿的学者学子们，暂时以安抚为主，可以给他们安排住宿，一来是表示政府的怀柔，二来也是更于管理，免得弄出大乱孑来。
商毅对此到也没有异议，因为这种上京请愿的行为，在历朝历代都有，其实是中国古代民间向朝廷表示自己声音的一种形式，无论这一次请愿的內容是什么，但这种形式是不能禁止的。因此商毅只是要求，一定要让请愿者保持秩序，不许借机对南京的日常生活造成破坏，影响秩序。而请愿者的住宿饮食由朝廷来付责这一点，到是可以，但要派遣军队监视。
内阁做出了决议之后，立刻派出两名内阁官员，出洪武门去面见众学者传达內阁的意见，首先接受他们了上言书，并表示內阁会认真阅读上言书，并上交给皇帝御览，但对上言书里提出的要求怎样处理，还需要时间来讨论，因此请他们暂时在南京等候，并安排他们到馆驿休息住宿，但同时也告戒众人，不许在南京胡作非为，破坏治定，否则一定将会严惩。
这时众学子们在洪武门外跪了半天，也确实足有些累了，而且內阁也接受了上言书，答复的理由也很合理，毕竟将求内阁马上就做出决定也不可能，而且有地方住，包吃包喝，当然不错，起码可以省钱。而组织这次上京请愿的领头几个人也都觉得没有拒绝的理由，虽然在队伍虽也有几个人鼓吵着“如果内阁不答应就跪在这里不走之类”，但见其他人都跟着官员一齐离开了，也熬不住累饿，终于也跟在后面一起走了。
见终于把这批请愿的学者们都安稳下来了，内阁上下也都松了一口气，总算是还没有出什么大乱子，同时又赶忙安排了一队士兵，在馆驿外驻守，当然名议上是保护他们的安全。虽然不限制众人的活动，但要外出时必须登记，发给令牌。
而在內阁里，众官员们也在为上言书的内容议论纷纷，因为看过了上言书的內容之后，绝大多数人对这份上言书提出的要求都嗤之以鼻。內阁成员基本都是追随商毅打天下的人员，一方面是对商毅信任，另一方面也是在夺取天下的过程中，也淸楚这些新政策对于帝国发展的好处，另外也有一些人确实是开扩了眼界，提高了见识，当然也不少人有既得利益在里面。
比如第一条恢复古制，以仁义礼信治国，就连王夫之都认为，这根本不可行，因为什么才算古制呢？是宋朝、唐朝算古制，还是夏商周三朝算古制，而像什么限商、禁海之类，只会造成帝国的财政崩溃，更是不可能。但这次事情怎样处理，确实是一件很麻烦的事情。连商毅一时也有些束手无策.
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