因此阿济格的大军到达许州之后，耿仲明丝毫也没有一点怀疑，大开许州的城门，迎接阿济格的大军入城。结果阿济格入城之后，立刻下令，将耿仲明拿下，因为耿仲明没有做一点防备，因此毫无反抗之力，就在许州里，被淸军抓住。一同被抓的还有儿子耿继茂，部将石明雄、宋国辅、潘孝、陈绍宗等人，还有川军的主将马宝等众，共计二十三人。
虽然耿仲明的部下，还有川军闻迅之后，想要反抗清军，但这时阿济格部的十万大军都己入城，军威压迫之下，耿仲明部也不敢轻易反抗，同时阿济格还向全军宣称，这一次直追究耿仲明以及主要部将的责任，对于中下层军官，以及士兵只要是愿意服从自己的指挥，都将不予追究，并且保证他们粮饷供应，一应待遇，都与其他士兵一样，由其是对川军，阿济格也保证，打完仗之后，可以让他们自行回川。而且阿济格也不是光说不做，只要是表示听命于自己的士兵，立刻发给白银二两，做安家费用。
二两白银最然不算多，但也够一般人家二三个月的生活费了，而且现在的形势也十分清楚，耿仲明部的主将都己被抓，军队没有指挥，反抗只是死路一道，另外耿仲明也不是什么爱兵如子的人，他的部下也不会为他拼自己的命，川军则更不会为耿仲明送死，反正当兵打仗就是为了图军饷口粮，跟着谁不是跟着呢，因此耿仲明部的士兵也都表示愿意听从阿济格的命令。
于是阿济格立刻下令，将耿仲明部的士兵进行重新整编，分散到清军的各军中去，同时又命人将抓获的耿仲明等人送到开封去，交给多尔衮处置。
耿仲明这时才真的害怕，赶忙想方设法，向多尔衮救饶，在从许州到开封的路上，一连向多尔衮连上了三道疏表，请多尔衮饶自己一命。
那知多尔衮根本就不理他，一到开封，多尔衮就下令，除了几名川将遣回四川之外，将耿仲眀及其部众全部斩首，以警告全军，再有作战不利者，就和耿仲明是同样的下场。
其实在开封也不是所有人都赞同杀耿仲眀，洪承畴就主张，先将耿仲明收押下狱，等战事结束，或是明朗之后，再处置他不迟，毕竟现在就杀耿仲明，对吴三桂和尚可喜，都会产生一些负面的影响。
伹在南阳战役之后，多尔衮就对耿仲明借助吴三桂的势力，挟兵自重，但又惧敌畏战的态度相当生气，而对吴三桂仍然在四川稳坐不动，保存实力也非常不满。这次杀了耿仲明，一方面是杀一儆百，借耿仲明的人头来警告全军，以后必须努力作战。
而留下几员川将不死，则是还希望不和吴三桂把关系搞僵，但同时多尔衮将其放回四川时，也让他们转告吴三桂，自己对吴三桂到现在还首鼠两端，模拟两可的态度己经很不奈烦了，一但清廷败亡，四川决不可能独存，因此请吴三桂自己看着办吧。
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