第二天，船队分头而行，宋协昌带领着三条商船扬帆启航，沿海岸线继续南进。又经过一天的航行之后，才驶进了马尼拉湾。
又向前行驶了一段路程，果然在巴石河的入海口处，发现了三艘西班牙军舰。商船上的士兵们也都十分紧张，不过大概是看到他们是商船，又是驶进巴石河，因此西班牙军舰并没有拦截他们，还让开道路，让他们进入巴石河。
实际意义上的马尼拉，其实是包括马尼拉城以及巴石河的两岸的广大地区。因为在这个时代的马尼拉城其是一个小城堡，城市规模大概也就和中国一个小县城差不多，住于马尼拉湾以东，塔阿尔湖北岸，巴石河以南的位置，离巴石河和马尼拉湾都还有一段距离，因此西班牙人又在巴石河的入海口处修建了一座圣地亚哥堡要塞，做为马尼拉城的屏障。而在马尼拉城里居住的，基本都是西班牙士兵，以及到亚州来的冒险者，还有传教士，以及他们的家属、仆人。也有少量的土著贵族。
巴石河南岸被称为巴里安区，北岸称为比农多区，才是真正的商业区，在马尼城的华人有九成以上，都在这里定居，或者开设了商铺，现在林之洋在这里也有一部份产业商铺，林凤舞就在这里生活了好几年的时间。而且也有不少在马尼城里居住的西班牙人，也在巴里安区或比农多区有自己的商铺、庄园，当然也有不少教堂。另外也有部份归化的土著，还有少量其他的亚州商人，欧州商人都在这里定居。因此在这里也形成了多种文明交汇的局面。
在十七世纪初期，马尼拉也有相当数量的日本人定居，在一六零三年的马尼拉大屠杀中，日本人也充当了帮凶，但随着徳川幕府推行闭关锁国的政策，因此在马尼拉的日本人也逐渐减少，现在己不足两百人，基本都是当初那一批曰本人的后代。
进入巴石河之后，就可以发现，在南岸的巴里安区有不少地方都有灭毁的痕迹，而且开张的店铺极少，街道上也少有行人，同时还发现了几批身材矮小的土著人正抢砸一家店铺，而在土著人的后面，还有两名传教士和几名西班牙士兵，正在指指点点，显然是在指挥着土著人。而北岸的比农多区要略好一点，但开门营的商馆还不足一半。
阿科尼亚等几个传教士互相看了一眼，阿科尼亚轻轻叹了一口气，道：“我的主啊，为什么会有这样的情况。”
南京商馆位于巴石河北岸的比农多区，离入海口不足十五里，紧靠着巴石河的一个河港，在商馆前就是一个码头。而且这时己经可以看清，商馆是由两栋三层楼高的建筑组成，在外围还有一道一人多高的围墙。不多时,三艘商船都己经接近了码头。这时张庚秋忽然惊叫道：“看，有人在围攻我们的商馆。”
众人放眼看去，只见有百余名土著人在一个传教士和十几名西班牙士兵的带领下，正在向商馆的方向扑奔而来，而商馆里的伙计们正退入商馆中，关门闭户。
赵铭道：“看来他们己经开始对比农多地区动手了。”
而宋协昌立刻下令，赶快靠岸，同时命令商船上的士兵，立刻准备战斗。
不一会儿，有一艘商船在岸也停靠，这时土著人早就发现了商船，他们一时砸不开商馆的大门，因此都转移到码头上来，准备先打劫商船。同时几个西班牙士兵也大声喊喝，指手划脚。似乎也是指挥着土著先进攻商船。
就在这时，忽然从商船上飞出了几个圆简状的东西，还冒然白烟，落到土著中间，土著们还不明白是怎么一回事情，有一个土著还拾起来一个，拿在手里翻来覆去的看着。
只听“轰——轰——轰——轰——”几声，手榴弹在土著中间爆炸，只炸得土著血肉橫飞，一下子就死伤了一二十余人，紧接着船上枪声大作，顿时又将土著打倒了十几个。其余的土著吓得连连后退，而船上这才伸出跳板，搭靠在码头上，而士兵们也纷纷从船上冲下来，踏上了码头。
手榴弹的爆炸声一响，西班牙士兵就知道是怎么一回事，于是也都赶忙从背后摘下自己的火枪，准备开火迎战，但等他们都填装好了弹药之后，这才发现，从船上下来的，尽是身装绿色军装，带着八角单沿军帽，手持火枪的士兵，双方一阵短暂的对射之后，中华军的士兵中有两人中弹受伤，而西班牙士兵却躺下了大半，连带着逃跑的土著，又被打死打伤了十余人。
这时另外两艘船也都相继靠岸，士兵们纷纷登岸成功。剩于的几个西班牙士兵和土著也看清了对手足有四五百人，而且都是人手一支火枪，也都无不吃惊，也不知道这一支军队是从什么地方来的，而且看样子都是生理人，每一个人的心里也都闪过了这样一个念头，生理人的军队杀到马尼拉来了。
眼前的局势己经很清楚了，对方的人数比自己多了好几倍，而且人人都有火枪，自己肯定不是对手，因此几名西班牙士兵立刻转头就跑，把那名传教士和土著全都扔下了。
而这时中华军的士兵己有一半上岸，立刻对西班牙士兵展开了追击，结果在追击的过程中，又打死了不少土著和几名西班牙士兵，有一些土著其实是在追上之后，被中华军的士兵用刺刀给捅死的。战斗很快就结束了，中华军共打死了九名西班牙士兵，三十七名士著，另外还抓回了两个西班牙士兵，十五个土著人，而那名教士因为穿着长大的袍孑，还没跑两步，就被绊了一跤，成为中华军所抓的第一个俘虏。而中华军的士兵无一伤亡，只有三个人受伤。
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