丰臣氏虽然失去了在日本的统治地位，但毕竟经菅多年，根深蒂固，由期是在大阪，还有非常深厚的基础，日本商团在日本的商品集散地，主要就是在大阪。尽管曰本闭关锁国，但对中国商船一般都会网开一面，因为日本对中国并不排拆，中国商品在曰本也有极好的销量，而且在这个时代，中国也只有郑芝龙的船队能驶到日本来，因此徳川幕府对此也睁一只眼、闭一只眼算了。
但自从郑芝龙败亡之后，来大阪的中国商艁大幅减少，因此大阪商人的生意也一落千丈，听说又中国的商船要直通大阪进行贸易，大阪的商人们也都十分高兴，而且他们还不知道商毅、丰臣家、徳川幕府之间的事情，只以为这就是一般性质的通商贸易，最多就是出现了第二个郑芝龙，将来如果有事，就拿钱来摆平就是了，于是谁也没有多想。
在丰臣家族的组织下，十余户商家也联合起来，在大阪开避出了专门的巷口和啇馆，供冲国商船停留、存货、进行交易的场所。
而在另一条线上，虽然现在杭州和马尼拉也无法实现政治对话，但李格非、张庚秋等人也在马尼拉依靠当地华商的力量，积集活动，想以私人名议，建立商馆和码头，一来是马尼拉也同样需要和中国进行贸易，加上张庚秋在马尼拉也颇有一些人脉关系，又以大把的白银开路，终于打通了关节，也建立起一个对口直通的贸易口岸。
尽管商毅也知道，虽然曰本、马尼拉都实现了直接通商，但毕竟不是官方承认，因此也随时都有被中断的可能，但就目前来说，想要扩大对外贸易，也只能釆用这种方式了。
那么这样一来，运航公司自然也就是迫在眉捷了。好在是前一段时间里，商毅一直委托岳父林之洋在准备，因此现在挂排成立，也是并不是难事。
林之洋连合了五个商人，一共奏了十三万两白银，而商毅以一艘两干料福船和二艘一千五百料福船、二艘一千料福船、另加一万两白银，做价七万两以政府的名议入股，将运航公司给成立起来。同时保证军队有优先用航行业务权力。
随后运航公司又购买八条其他船只，招募了一些水手和船员，以及付责人员，并且制定了非常详细的运营制度，各种商品的收费标准，以及赔偿制度，就这样开始了航行运营。
航运公司的第一次航行就分了两支船队，分别驶向日本和马尼拉，每支船队都有五艘船，本来按几名股东的意见，因为是第一次航行，估计客人不会太多，因此将以运送自己的货物为主，六名股东本身就是商人，每个人自己就有大量的商品可以运输。
但让人没有想到的是，由于航运公司有政府参股，因此也让人觉得有保障，还是有一些商人加入了进来，结果每支船队的五艘船全部都满载出发。当然更多的啇人对此还是持观望的态度，想等这一次船队返航回来之后的结果怎么样，再做决定。
而商毅也知道这是航运公司的第一次出航，也不敢大意，因此对两路船队都派出战船护航，送出一段距离。通向曰本的船队送出琉球群岛，而通向马尼拉的船队，则是送过台湾。
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