商毅首先下令，各军仍然按自己进攻南京的方位，撤离出南京城去，在南京的外城驻扎，并且救治伤员、补充修整，而在南京城，只留第一军的第一、七两个师驻守，维持城中的秩序。
然后对南京城中现存的百姓进行登记造籍，并指定地方集中居住，以便于管理，同时对百姓的口粮和生活需求物资，按户籍人口，统一调备供应。而多余的地方都要空出来，慢慢向南京移居人口。同时也要求百姓们尊守秩序，凡事有趁乱抢劫、偷盗窃取者，一率严惩。
这一条令当然也受到了百姓们的一致拥护，因为清军守城时，把百姓家里的粮食、银钱、布匹、盐等等物资全部都搜刮走了，就连家俱都收去了不少，可以说现在绝大多数的百姓家里都是空空如也，家徒四壁。因此商家军向百姓们提供生活的资资供应，正好可以解了百姓们的燃眉之急。
同时有军队在南京城中维持治安，一般的地痞无赖之徒也不敢胡乱生事，加上生活得到了保障，因此南京城中的秩序也速度的稳定下来。
接着商毅又下令到杭州，首先以督师府的名议通告整个南方，南京己经被商家军收复，并让叶瑶瑱立刻安排，调一部份行政人员到南京来，恢复南京完整的行政机构，同时还要运送一批物资过来，保证南京这边军民的生活供应。并着令统战部立刻向山东下令，命令两支跨海作战的部队都要开始准备撤离了。
十一月十八日，商毅收到了消息，在广东、福建、江西三省的清将金声桓、觉罗巴哈纳、尚之孝三人合兵赶到救援南京。前锋人马已经到了徽州。
原来多铎的告急文书在一个月以前就发到了福建，这时金声桓己经回兵褔建，和觉罗巴哈纳一起向郑成功发动了进攻。并且首先攻克了彰州，随后从两面夹击泉州。这时己将泉州围住，眼看就要攻下来了。
但就在这时，两人首先收到了商毅公布，商家军跨海突袭成功，己经攻占盛京的消息。两人对这个消息一开始还是半信半疑，毕竟这种大规模跨海突袭的战术对两人来说，确实是有一些匪夷所思，但又觉得商毅不会用公布这种假消息，因此也琢磨不清这是真还是假。
但几天以后，收到了多铎的紧急调兵令，虽然没提商家军攻沒攻占盛京，只说商家军集中了全部兵力，要进攻南京，但要两人放弃江西、福建等地，立刻带领所有的人马回援南京。两人也都预感到攻占盛京的消息八成是真的，否则多铎不会给自己下达这样一份调兵的命令。
觉罗巴哈纳是满州的固山额真，对满清当然是忠心耿耿，因此接到了多铎的告急之后，也立刻开始照办，马上调集人马，准备返回南京。而金声桓只是觉罗巴哈纳的副将，就算心里另有想法，也只能听命从事。
但这时他们两人合兵也不足六万人马，想回援南京还有嫌有些不足，因为觉罗巴哈纳可是十分清楚，商家军是惯于围城打援的，从福建到南京距离千里，正好给了商家军在半路伏击清军的机会。而且在公文里多铎也说明,还调了尚可喜部回援南京。尚可喜现在广东驻守，手下有六七万大军，实力可是十分雄厚的，因此两人也觉定等尚可喜出兵之后，合兵一起去回援南京。这样人马多一些，也安全一些，于是两人一面准备,一面又写信给尚可喜，催他尽快快出兵，自己在江西等着。
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