洪承畴对这种现像当然十分清楚，因此才下令必须全面断绝，彻底浙江的商品供应，虽然在短期內效果不会太显著，但时间长了，虽然不能从经济上完全拖跨商毅，但也可以使浙江的收入大减，从而大大削弱商毅的力量。同时也可以加大商家军的情报传递的困难。
对洪承畴这样的安排布置，多铎也全力的支持，并且派自己的亲卫队组成监查队，在各条防线进行巡查。
而在湖北地区，不过洪承畴到并没有急于向商家军的湖北根据地发动进攻，因为军队重新编组，调整都需时间。只是首先命令贝子尚善领军驻守黄州，为下一步征剿湖北的商家军做准备。而且封锁得也更为严密，在双方的边境线附近，一屡不许驻留人口，房屋建筑田园一屡拆毁。凡是敢和商家军有来住的人员，一屡格杀无。要将商家军在湖北的根据地彻底孤立起来。
因为洪承畴知道，商家军在湖北的根据地还不能达到自给自足，需要浙江的支援，而浙江对湖北根据地的支援，主要是依靠长江水道，因此想要进攻湖北的商家军，首先就要阻止商家军从长江的援助。因此洪承畴也开始着手整顿淸军的水军。
自从清军在龙山水战失利之后，淸军也重建了自已的水军，前前后后又征集到四五百艘大小船只，不过清军的水军主要还是负责运输大队人马，以及物资渡江，而不是和商家军争夺长江的控制权。而且清军现在也知道商家军水军的厉害，除了上一次吴三桂冒险从仪真渡江之外，清军根本就不敢在南京境内以下的江段活动，由其是这时商家军占领了江北的滁州、和州一线，因此清军渡江的地点都设在池州府的铜陵一带。以避开商家军的水军进攻。
这样一来，从江淮传递到南京，都必须绕一个弯路。好在是目前江南的军需主要都是由湖广和本地供应，因此对清军的后勤供应影响不大。
洪承畴是福建泉州人，虽然在明朝的大部时间都是在西北、西南剿匪，但对航海、舰船也并不算陌生。而且现在洪承畴也知道，商家军在海上取得的战绩，可以说商家军的海军实力，足以和郑芝龙一较上下了。而现在商家军在长江上占有绝对的优势，在短期内，清军是无法建立出一支能够和商家军相抗衡的水军来。好在是清军的目地并不是要击败商家军的水军，只是阻止搔扰商家军从长江支援湖北战区就行了。
这一点在目前来说，洪承畴相信淸军还是做得到的。而且商家军的船队虽然强大，但主要是海船，能够在长江中航行的战船并不多，海船和江船的区别，洪承畴当然是清楚的。因此在长江里，清军的船只绝对数量要出商家军多，同时还占有上游之利，这一点有长江中水战，是十分有利的。龙山水战之败，大部原因是清军不熟悉水战，而且战术不对的缘故。
于是洪承畴也下令，将清军所有的船只按大小进行重新编组，并且仍然将龙山船厂做为水军的前线基地。不过洪承畴也不敢大意，只是在龙山船厂里驻守三百多艘船只，其余的船只仍然停泊在池州一带。同时达继续在长江沿岸征集各种船只，并且命令各造船厂也都继续为清军生产新船。
然后洪承畴又在湖广、江淮等地招筹渔民充任水手，并从汉军中选拔精通水性，并且会操舟的士兵编成水军进行训练，制造水战的武器，积极的备战。
不过就在清军正在积极准备的时候，商家军却主要出击，分从水旱两路，向南京发动了进攻。
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