而宋代宰相制度，它虽然从名义上来说依然是三省制，既以三高官官为宰相，但其实质内容与隋唐时期“中书出令，门下封驳，尚书受而行之”的制度格局已有很大的不同。
比如隋唐时期建立起来的完备三省制，其在建立不久后很快就暴露出其根本性的缺陷，比如三高官官地位并重，权力相互牵制，带来的必然性后果是三省互相争权、机构彼此扯皮、行政效率低下，这就严重危害到中央权力的正常运作，危害到一个国家的长治久安。
因此唐人对此陆续采取了诸多补救措施，如设立政事堂议事制度、合并中书省和门下省为中书门下等。
于是后来的宋初宰相制度，北宋开国太祖赵匡胤特意吸取前朝教训，首先是对唐人这一系列变革承继。
北宋在神宗改制之前，禁中设“中书门下”为宰相的治事之所，又称“政事堂”，题榜只曰“中书”，印文行敕曰“中书门下”，平时简称“中书”。且以他官判省事，行使宰相之职权，称“同中书门下平章事”。
首相兼昭文馆大学士，称昭文相；次相监修国史，称史馆相；末相兼集贤殿大学士，称集贤相。通常只设二相，往往首相昭文馆大学士兼监修国史。同时，皇城之外另设尚书省、门下省、中书省挂牌机构，不预闻中央政务，名存实亡，仅仅成为一种制度摆设。
此时所实际贯彻实施的是“中书门下”之一省制。
所以宋代中央机构叠床架屋，虽然行政效率依然低下，但这其中的原因是多方面的，而绝非是如同唐朝那般单一一种。
比如官与差遣分离所带来的职官重复设置，大量扩充科举录取名额和官员子弟荫补人数所带来的官浮于事，对官僚阶层的过度宽容和考评官员的注重资历所带来的庸官泛滥等等。
再有北宋朝自神宗改制以前，朝野清醒意识到官制设置的弊病，但却错误地将原因归结为三省的名存实亡，提出恢复隋唐三省制的变革对策，这股思潮，导致了神宗元丰年间的官制改革。
所以元丰五年，即公元1082四月，神宗改革官制。
其意图是恢复“三省体均，中书省揆而议之，门下省审而复之，尚书省承而行之”之完善的三省制度。
改制者设想：三省分权制衡，且使官职名实相符，既可以减少重叠的政府机构，提高行政效率；又可以平衡宰相之间的权力，避免独相专权局面的出现。
所以宋神宗以三省首长为宰相，去掉差遣名称，以本官治本省或本部门之事。三省首长尚书令、中书令、侍中，官高不除。以尚书左、右仆射为宰相。左仆射兼门下侍郎，为门下省首长；右仆射兼中书侍郎，为中书省首长。
而神宗改制，也恢复了尚书省二十四司中除兵部以外的全部实权职能，并了诸多重叠政府机构，这多少有其积极现实意义。
但其企图形成“三省体均”的局面，则又是不切实际的，且与减少中央机构重叠的本意也不相符合。
事实上，宋神宗所变革的体制与隋唐的三省制并不完全相符，其中有不少的变通。尚书省左、右仆射兼中书、门下二高官官，意味着实际运作中依然是二省制。
中书省因为是朝廷政令所出之地，事实上凌驾尚书、门下二省之上。所以，改制后，“政柄尽归中书”。中书省独尊的情况，一直得以延续，元佑年间，同样“机务之本并在中书。”
这就使得三省权力的分配，有了轻重主次之分，也为三省的重新合一奠定了基础。
所以三省体均始终是一种理想化的境界，一旦付诸实践，该制度与生俱来的弊病立即显露出来，其官制改革后的四、五年之内，朝廷执政大臣迅速形成一致意见，要求三省重新合并为一。
元佑初，以司马光领衔，宰相班子集体向垂帘听政的太后提出“合中书、门下两省为一”的变革主张。司马光等人的奏议指出三省分权有五方面缺陷：
第一，公文在三省之间周转烦琐，困于留滞。
第二，门下省封驳甚少，若有封驳，易造成执政大臣之不协。
第三，中书省取旨，可以不理会门下省的封驳。
第四，门下省也参与朝政商量奏决，若复有驳正，则为反复。
第五，近日中书文书往往不送门下省，“门下一官殆为虚设”。
于是当时的太皇太后高氏虽然否决了宰相们集体意见，但是在实际的操作过程中，三省的合并工作却是早已经在逐步地、不动声色地进行。
直到后来元佑年间，太后同意将三省分班奏事改为三省合班奏事，这需要三高官官之间的协调合作，具体地说也就是中书和门下二省首长的合作，这是三省再度趋同演变的第一步。
再有南宋南渡初年，戎马倥偬，军务、政务往来频繁，就亟须改变宰相机构重叠、效率低下的运作状况，李纲为相时，上书言十事，其一曰政出多门，纪纲紊乱，宜一归之于中书，则朝廷尊。，从此明确提出一省制的建议。
于是南宋建炎三年，即公元1129年的四月，在吕颐浩出任南宋宰相后，他立即将司马光和李纲建议付诸实施，“竟合三省为一”。
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