其时褚太后方在崇德宫佛屋烧香，内侍启云：“琅琊王有急奏。”褚太后步出佛屋，见琅琊王司马昱与皇帝司马奕立在殿前阶墀下，神情有异，便问：“小皇叔何事？”
琅琊王司马昱叹息一声，低声道：“大司马温有表章在此，事关重大，请太后定夺。”说着将桓温奏书呈上。
褚太后居崇德宫，吃斋念佛，早已不理朝政，心知若非惊天大事司马昱是不会来惊动她的，当即倚户视奏书数行：“——帝早有痿疾，师从彭城妖人卢竦修习男女合气术，嬖人相龙、计好、朱灵宝等，参侍内寝，二美人田氏、孟氏生三男，将建储立王，倾移皇基，百姓诧怪，朝议咸疑，谗说殄行，奸邪乱德，此基业之大患，存亡之所由也——”
褚太后执奏书的手微微发抖，说了一句：“我本自疑此——”
皇帝司马奕战战兢兢问：“太后，是不是大司马温想要谋反篡位？”
褚太后悲哀地看着这个即将被废黜的皇帝司马奕，司马奕虽并非她所生，司马弈与哀皇帝司马丕的生母是周太妃，这兄弟二人都没有一国之君的体统，一个服药求仙，以至于中毒而亡；一个合气求仙，人伦道丧，现在终于被桓温找到借口，要废帝立威——
褚太后没有理睬皇帝司马奕，只问琅琊王司马奕道：“桓大司马现在何处？”
琅琊王答道：“屯兵于白石。”
褚太后点点头，说道：“小皇叔要以国家社稷为重，统承皇极，莫为谦辞。”
琅琊王司马昱跪倒在地，连声道：“臣昱万万不敢，臣昱万万不敢。”
褚太后叹息道：“王室维艰，皇叔不挺身任之，社稷大计，将付于他人乎！”
皇帝司马奕这时听明白了，崇德太后这是要废他改立琅琊王啊，既惊且怒，但在崇德太后的积威下，他是敢怒不敢言，又知这定然是桓温所谋，直气得手足冰凉，却是出不了一声。
褚太后入显阳殿，女官侍候笔墨，于桓温奏章后批复数行，交给琅琊王司马昱，不觉泪下，说道：“还望皇叔小心化解此危机，莫使晋祚断绝。”
琅琊王司马昱辞出崇德宫，命散骑侍郎刘享送皇帝司马奕回中斋，那意思就是软禁了。
宿卫中郎将毛安之来报，朱灵宝、计好、相龙已经就擒，妖人卢竦与弟子许龙等逃脱，已派出卫骑追踪缉拿。
司马昱召王彪之、谢安、高崧、陈操之等人商议，一面要派人去白石迎桓温入都，诏依诸葛亮故事，允其带甲仗百人上殿，一面要商量如何保全皇帝司马昱的三个幼子，虽说朱灵宝三人秽乱宫廷，但三个皇子也不见得就一定是杂种——
侍中高崧道：“朱灵宝三人死有余辜，不必审问，即日处死吧。”
王彪之点头道：“高侍中所言极是，若审问时，那三人胡言乱语起来，有损皇室体面，不利于保全皇帝幼子。”
琅琊王司马昱即传令左卫将军殷康，即于廷狱中缢死朱灵宝、计好、相龙三人，至于卢竦及其党羽，要加紧追捕。
司马昱命御史中丞谢安、太子洗马陈操之前往白石迎接大司马桓温入都，十月初一丁未日，桓温率步骑三千抵达建康城下，驻兵城外，带三百甲士入城——
己酉日，桓温在台城太极殿西堂召集百官，废立之事，旷代所无，不仅百官震栗，就是桓温自己也是悚动流汗，见于颜色，而且既然要行废立之事，那么也需要一定的礼仪，大臣中莫有识其典故者。
谢安对桓温道：“公阿衡皇家，当倚傍先代。”乃命人取《霍光传》，礼度仪制，很快就确定下来，谢安朝服当阶，神采毅然，不象其他官员那般脸有惧容，朝堂上的文武仪准皆由谢安取定，朝廷上下由此敬服谢安。
尚书仆射王彪之宣崇德太后令，崇德太后的诏令就书于桓温奏章之后，令曰：“王室维艰，穆哀短祚，国嗣不育，储宫靡立，琅琊王奕亲则母弟，故以入篡大位，不图德之不建，乃至于斯，错浊溃乱，动违礼度，有此三孽，莫知谁子，人伦道丧，丑声遐布，不可以奉守社稷、敬承宗庙，今废奕为东海王，还其旧第，供卫之仪，皆如汉朝昌邑故事，以丞相、录尚书事琅琊王昱统承皇极。但未亡人不幸，罹此百忧，感念存没，心焉如割，社稷大计，义不获已，临纸悲塞，如何可言！”
百官皆泪下沾襟，桓温亦汗湿后背，兢惧不已。
百官入太极前殿，散骑常侍刘享收取废帝司马奕的玺绶准备转献新君。
废帝司马奕披头散发，身穿白袔单衣，走出西堂，乘小牛车出神虎门，百官拜辞，莫不流涕。
桓温心道：“司马奕只是一个昏君，我废了他竟也招惹了这么多眼泪，可见晋祚尚不能绝，我若仓促禅位自立，必致朝臣激烈反对，祸不可测，陈操之以魏武、晋文之事说我，此诚深谋远虑也。”
桓温命侍御史、殿中监率卫兵百人送司马奕归东海第，又亲帅百官准备了乘舆和法驾，迎琅琊王司马昱于琅琊府邸，司马昱至此也只有当此大任，入朝堂更换服饰，著平巾帻、单衣，向东垂泪，拜受玺绶，是日，即皇帝位，改元咸安。
桓温居台城中堂，分兵屯卫，以确保建康城稳定，午后，桓温入太极殿拜见新君司马昱，桓温近年来患有痛风之疾，病足，不能疾走，司马昱诏谕桓温乘舆入殿，桓温事先撰辞，准备向新君司马昱陈述废帝的本意，是出自一片忠心，没想到司马昱见到他只是流泪，泣下数十行，没完没了，这样一来，桓温不免心有愧疚，竟不能说一句话，只好怏怏出殿，废帝的感觉似乎没有想象的那么愉快——
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